ค.ศ. 2040 - สามสิบปีผ่านไปนับตั้งแต่การต่อสู้ระหว่างโลกและกองกำลัง Zentraedi ได้เปลี่ยนชีวิตของทั้งสองเผ่าพันธุ์ บนดาวอีเดนโครงการลับสุดยอดที่เรียกว่า "ซูเปอร์โนวา" ถูกจัดขึ้นเพื่อตัดสินเครื่องบินรบแปรผันรุ่นต่อไปของยูเอ็นสเปซี่ Macross Plus การแข่งขันเพื่อชิงเงินทุน ได้แก่ YF-19 ของ Shinsei Industries และ YF-21 ของ General Galaxy นักบิน YF-21 คือ Guld Goa Bowman ซึ่งเป็นครึ่งมนุษย์ครึ่ง Zentraedi Shinsei ได้รับนักบินทดสอบคนใหม่ในรูปแบบของนักบินรบที่ดื้อด้าน Isamu Dyson ซึ่งครั้งหนึ่งเคยเป็นเพื่อนกับ Guld ในขณะเดียวกันขณะที่ Isamu และ Guld ต่อสู้กันอย่างดุเดือดเพื่อดูว่านักสู้คนใดเหนือกว่า Virturoid Idol ที่ชื่อว่า Sharon Apple จะมาแสดงคอนเสิร์ตเปิดตัวครั้งแรกที่ Eden ชารอนเป็นโปรดิวเซอร์มยองฟางโลนอดีตเพื่อนของอิซามุและกัลด์อีกคน เมื่อทั้งสามพบกันข้อพิพาทเก่า ๆ จุดประกายจากอดีตที่ทุกข์ใจ พวกเขาไม่ค่อยรู้ว่าเหตุการณ์ในอดีตของพวกเขาพร้อมกับ Supernova Project และ Sharon Apple จะทำให้พวกเขามารวมตัวกันได้